天武2年（673）天武天皇の勅願寺として、覚豪阿闍梨によって創建された泉州の最古刹です。創建当初は、井堰山願成就寺・無辺光院と呼ばれていました。天平年間になると、寺領に1千石が加えられ、聖武天皇の勅願寺となりました。

弘仁6年からの2年間は、宗祖弘法大師のご留杖により、多宝塔、金堂の造営を始め、一山がことごとく整備され、鎮護国家の道場にふさわしい輪奐の美を誇るところとなりました。その後はたび重なる戦火に盛衰を繰り返すこととなります。

慶長7年（1602）豊臣秀頼が一山を再興。奥之坊・山之坊・明王院・戒躰院・稲之坊・中之坊（現・慈眼院）・下之坊（現・日根神社社務所）・東方寺・上之坊・明神社・観音堂・毘沙門堂・護摩堂などの諸建造物がこの時の造営によって再建されたといわれています。

江戸初期の寛文年間には、岸和田の領主岡部侯の帰依を得て一山の大営繕が行われ、その時、総法務宮であった京都仁和寺の性承門跡より「慈眼院」の院号が下賜され、仁和寺の末寺となって今日に至っています。